1949～1950年，对全川36所公立私立高等学校进行接管、接收和整顿。

1949年底接管了国立重庆大学、国立中央工业专科职业学校(后更名国立中央工业专科学校，后又更名为国立西南工业专科职业学校)、国立女子师范学院、国立中央技艺专科学校(后更名为乐山技术专科学校)、国立自贡工业专科学校(1950年自贡工专与泸县高级职业专科学校合并，改名四川工业专科学校)。

1950年初接管了国立四川大学、四川省立会计专科学校(后更名为成都会计专科学校)、四川省立体育专科学校(后更名成都体育专科学校)、国立西康技艺专科学校(后更名为西昌技艺专科学校)。

1950年1月对华西协合大学实行军管监督，两次改组校董会，免去其成员中的国民党政府官吏，补充了中国学者和进步人士，重组了校务委员会。

1951年3月根据国务院《关于处理接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的方针的决定》正式接收了该校，收回了教育主权，该校完全享受公立学校待遇，更名华西大学；同年10月接管私立求精商学院，改名西南贸易专科学校；对私立川北大学，宣布由原校长王宏实代理校长；对办学条件较好或设有急需的财经专业的成华大学、相辉学院、重华学院、中国公学大学部、求精商学院、辅成学院、正阳学院、重庆艺术专科学校8所私立高校，西南文教部按照积极支持、重点补助、逐步改造的方针，于1950年上期开始补助经费，并设人民助学金；对办学条件不具备的勉仁学院、群治学院、中华戏剧专科学校、新中国艺术专科学校4所私立高校，经中央教育部和西南文教部批准于1950年3～8月自动停办。

1950年12月，川东行署接收了私立乡村建设学院，于1951年与私立南林学院、白屋文学院及辅成学院合并，改建为川东教育学院；对私立汉藏教理学院、私立东方文教学院，经西南文教部辨明情况，不属于高等学校，于1951年初改按宗教团体对待。私立长江文理学院、大川学院和西南学院因政治情况复杂，分别经重庆市和成都市军管会予以查封。

根据国家建设的需要组建了4所新校。1950年7月，以原西北艺术学院为基础，成立西南人民艺术学院；1950年7月，私立川北大学和私立川北文学院合并成立公立川北大学，并由三台迁南充；1950年10月教育部批准同意国立女子师范学院和四川省立教育学院的教育科系和重庆大学的教育系及体育专修科合并成立西南师范学院；1950年11月教育部同意以原四川省立教育学院的农艺、园艺和农产制造3个系为基础，与私立华西协合大学农艺系和私立相辉学院农艺系及其专修科合并成立西南农学院。1951年6月在成都新建西南民族学院。

50年代四川进行了两次院系调整。

1951～1953年为第一次院系调整，属于重大调整的院校有：1952年11月，以川北大学为基础，并入其他院校一些系科，建立四川师范学院，校址由三台迁南充川北行署旧址；1952年10月，由6所院校的9个土木建筑系科合并，在重庆沙坪坝建立重庆土木建筑学院；将重庆大学由综合大学改建为以机械、采矿、冶金等专业为主的多科性工科大学；将华西大学由综合大学改建为多科性医学院；将四川大学改建为文、理结合的综合性大学；由17所财经院校、综合大学的经济系科合并组建四川财经学院，校址在成都光华村；在乐山技艺专科学校的基础上，并入成都高级染职业学校，建立四川纺织工业专科学校；以川南工业专科学校为基础，将有关院校的有关系科并入，新建四川化工学院，院址泸州。

1953年，华西大学更名四川医学院；同年9月，将西南人民艺术学院、成都艺术专科学校分别建立西南美术专科学校和西南音乐专科学校；以西南人民革命大学的政治系和政治教育系为基础，调入有关院校的法律系科，新建西南政法学院；以西南人民革命大学俄文系为基础，独立建立西南俄文专科学校。1954年3月，建立重庆师范专科学校；同年8月、11月，中央高教部先后决定四川大学工学院独立建院，并将四川化工学院并入，定名成都工学院；成都体育专科学校改名西南体育学院；重庆土木建筑学院更名为重庆建筑工程学院；停办西昌技艺专科学校；四川纺织专科学校改为中等技术学校。

1956年进行第二次院系调整。经国务院决定，将上海交通大学、南京工学院无线电系、华南工学院电讯系以及其它一些院校的电子类学科调来四川，当时几乎集中了全国电子类人才的精华，于1956年在成都组建了全国第一所电子类工科高等院校——成都电讯工程学院，并于当年秋招生开学，定为国防部7所重点院校之一；经高教部批准将上海第一医学院部分专业和教师内调重庆，建立重庆医学院，后又从上海第二医学院、中国医科大学、武汉医学院、四川医学院抽调部分教师充实该院，由卫生部领导，次年交四川省人委领导；经高教部与地质部决定于1956年以重庆大学地质系和西北大学、南京大学地质系部分师资为基础，抽调北京、东北地质学院少数师资在成都建立成都地质勘探学院，由地质部领导；经周总理批准于1956年6月成立成都中医学院，为当时全国首批建立的4所中医学院之一；1956年初，四川大学农学院独立在雅安建立四川农学院；1956年，四川师范学院由南充迁成都，以该校留下的中国语文、化学、历史、数学4个专修科为基础，继续在南充原址兴办南充师范专科学校。

1958年，在大跃进的形势下，四川省兴起了大办高等学校的热潮，当年即兴办了高等学校40所，另外，还在3所中专校设有3个专科班.

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1959-1961三年困难时期，四川对高校进行了调整，将14所工科院校撤并4所：撤销西南重型机电学院、四川冶金学院、成都工业专科学校，自贡化工专科学校并入泸州化工专科学校。6所医科院校保留4所：将重庆医专和成都医专并入泸州医专，成都医专的检验专业附寄于四川医学院。5所师范学院保留4所：将重庆师范学院改为重庆师范专科学校，将成都师范专科学校并入该校。万县、涪陵、江津、内江、泸州、乐山、都江、绵阳、南充、达县以及西昌等11所综合专科学校全部撤销。在这次调整中基本保留了1957年以前成立的老校，同时保留了少数1958年以来新建院校中国家建设十分需要而办学条件又较好的院校，如：四川石油学院、重庆交通学院、重庆邮电学院、四川农业机械学院、四川林学院、泸州医学专科学校。

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1959年将南充师范专科学校改为南充师范学院，将成都地质勘探学院更名为成都地质学院，将重庆师范专科学校改为重庆师范学院(1962年又调整为重庆师范专科学校)，将西南俄文专科学校改为四川外语学院，将西南音乐专科学校改为四川音乐学院，将西南美术专科学校改为四川美术学院，均为4年制本科。

1963年四川行政学院恢复原名西南政法学院；为了适应三线建设需要，1964年，国务院批准唐山铁道学院迁峨眉(1972年更名西南交通大学)；1965年，根据中央指示清华大学、上海化工学院分别在绵阳和自贡建立分院；1965年省人委批准建立南充、万县、雅安医学专科学校，1966年保留南充医专，万县、雅安两校撤销后，学生并入南充医专。

1969年，哈尔滨工业大学迁重庆，1971年与迁渝办学的哈尔滨军事工程学院二系合并，占用西师校舍办学，更名为重庆工业大学。西师迁梁平县分散办学(1973年哈工大迁回哈尔滨，哈军工二系迁长沙与该校其它系科汇合在湖南建立国防科技大学，西师从梁平迁回原址办学)；北京农机学院迁重庆占用西南农学院校舍办学，更名重庆农机学院(1971年迁河北邢台，后又迁回北京)；北京矿业学院迁四川合川县，更名为四川矿业学院(1980年迁徐州，更名为中国矿业大学)。

1971年，将四川农学院、四川林学院、西南民族学院、四川财经学院、西南政法学院撤销；将重庆交通学院与重庆建筑工程学院合并；西南农学院除农机系与北京农机学院合并外，实际撤销；成都体育学院改为中专；重庆邮电学院改办工厂；四川音乐学院、四川美术学院待定。四川高等教育受到严重破坏。

1973年，成都体育学院、西南民族学院、四川音乐学院、四川美术学院和西南农学院、四川农学院恢复招生，四川林学院并入四川农学院，成立林学系；1978年西南政法学院、四川财经学院、重庆邮电学院，先后恢复；重庆交通学院由重庆建筑工程学院分出独立建院；成都工学院划归中国科学院领导，更名成都科技大学，确定为全国重点大学。

1978年，新建高校13所，其中中央部委属2所，省属11所：经国务院批准，国家建筑材料工业总局在绵阳清华分校原址创建四川建筑材料工业学院，中国气象局在成都气象学校的基础上，建立成都气象学院；四川省在荣昌畜牧兽医学校的基础上建立四川畜牧兽医学院，将绵阳农学院，西昌五、七农业大学分别改建为绵阳、西昌两个农业专科学校，新建了绵阳、阿坝、内江、达县、万县、西昌、宜宾、江津8所师专(江津师专后改名重庆师专)，重庆师范专科学校和泸州医学专科学校改为本科，分别改名重庆师范学院、泸州医学院；成都、重庆两市分别建立成都大学和渝州大学，并于当年招生开学。

1979年，利用上海化工学院四川分院原址，在自贡创办四川化工学院，重庆交通学院从重庆建筑工程学院分出恢复建院，撤销了万县、达县、南充3所农学院和六·二六医学院。

1982年，又建立了乐山、涪陵、温江(后改名成都师专)三所师专。

1983～1985年，四川新建专科学校9所，其中：部委属3所，即重庆建筑专科学校、重庆钢铁专科学校、四川烹饪专科学校；省属4所即：成都纺织专科学校、四川商业专科学校、康定民族师专、自贡师专；市办短期职大1所，即攀枝花大学；民盟四川省委和凉山州合办的民办公助普通大学1所即凉山大学。

1985年，在四川美术学院、四川音乐学院、四川外语学院、成都体育学院、西南民族学院、四川畜牧兽医学院、成都大学、渝州大学、西昌农专、绵阳农专等10校增设师范专科专业。

1983年，成都农机学院更名为四川工业学院；四川化工学院增设轻工类专业，更名为四川轻化工学院；1985年，四川医学院更名为华西医科大学；西南农学院更名为西南农业大学；四川财经学院更名为西南财经大学；西南师范学院更名西南师范大学；重庆医学院更名为重庆医科大学；四川农学院更名四川农业大学；四川师范学院更名为四川师范大学；1985年，南充医学专科学校升格为川北医学院；1988年成都电讯工程学院更名为电子科技大学；1989年南充师范学院经省府批准并报国家教委审批，更名为四川师范学院。

截止1990年，四川省共有高校60所，其中：全国重点大学9所，部委属院校16所，省属院校31所(中有省属重点大学5所)，市属高校3所，民盟四川省委员会同凉山州联合办学的民办公助大学1所；本科院校37所，专科学校23所；综合大学4所(内有民族学院1所)，工科院校19所，农林和医药院校各5所(内有民族农专1所)，师范院校17所(内有民族师专3所)，财经院校3所，外语、政法、民族、音乐、美术、体育院校各1所，短期职大1所。

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