投资者在进行港股通交易时，主要支付交易税费、结算及交收服务费用、存管和公司行为服务费用。具体包括：

　　证券组合费是指香港中央结算有限公司(简称“香港结算”)根据中国证券登记结算有限责任公司(简称“中国结算”)名义持有账户每自然日日终港股持有市值，按逐级递减的费率标准，所计收的存管和公司行为服务费用(详见下表)。中国结算依据相同标准，对每个持有港股的A股证券账户进行收取。

　　提示投资者注意，由于证券组合费根据投资者证券账户持有市值以一定的比例按自然日进行计算收取，也就是说，投资者持有港股通证券，即使不交易，也需每日缴纳证券组合费，投资者应避免因此发生资金透支。

　　目前，香港结算针对香港本地市场收取的证券托管、代理人服务等收费项目有4、5项之多，计算标准比较复杂，而且收取时间不统一，香港当地也有简化收费标准的呼声。香港结算正在推动统一采取组合费代替现有收费标准。因此，对投资者而言，证券组合费并非进行港股买卖的额外成本。

　　由于港股通交易为港币报价、人民币结算，而境内证券公司对投资者实施前端控制，投资者交易前须事先全额缴纳相关资金，故港股通业务中需事先设定参考汇率，主要用于证券公司交易前端预冻结资金，而非用于实际结算。为避免当日汇率波动给市场带来的结算风险，其取值范围覆盖了历史上的最大单日波动范围，目前其取值为T-1日末离岸市场港币对人民币即时中间价的±3%。

　　实际的结算汇兑比率是根据日终净额实际换汇汇率并按买卖全额分摊原则确定的，结算汇兑比率一般都会优于前述参考汇率。即，日终清算后，投资者的港股买入交易，按卖出结算汇兑比率所计算出的、实际需要支付的人民币，一般将少于证券公司日间按卖出参考价所计算出的金额。反之，日终清算后，投资者的港股卖出交易，按买入结算汇兑比率所计算出的、实际可以得到的人民币，一般将多于证券公司日间按买入参考价所计算出的金额。当然，出于风险管理的需要，可能有证券公司会在参考报价的基础上再加减一定比例来控制客户资金，投资者应事先咨询指定交易证券公司了解详情。

　　提示投资者注意，极端情况下离岸人民币市场发生大幅度波动时，有可能出现结算汇兑比率劣于参考汇率的结果。因此，投资者需及时关注离岸人民币市场并查看资金账户余额，防止资金账户出现透支。

　　当汇率出现极端情况下的大幅波动，或者由于香港市场相关交易、结算费用的收取(例如，交易系统使用费是按实际成交笔数而不是申报笔数收取；股份交收费按成交金额计收，注意对每笔成交有最低和最高收费标准；印花税在收取时有取整到元的规定；又如，香港结算按日收取证券组合费)，均可能会导致投资者账户透支。因此，港股通投资者应关注其账户内的资金余额，做出必要的预留。